Atbilstoši krājuma komplektēšanas, saglabāšanas un izmantošanas politikas mērķiem un, pamatojoties uz Muzeja krājuma veidošanas pamatprincipiem, Muzeja krājumā (pamatkrājumā un palīgkrājumā) šobrīd ir savākti muzeja krājuma priekšmeti, tostarp vairāk nekā 130 tautas celtniecības objektu, kas tiek saglabāti un eksponēti ekspozīcijā Rīgā, kā arī in situ ēku kompleksā Cēsu novada Vecpiebalgas „Vēveri” un zemnieka-zvejnieka sētā Dienvidkurzemes novada Rucavas „Vītolnieki”.
Kopš tā pirmsākumiem Muzejs ir veidots kā nacionālas nozīmes jeb visu mūsdienu Latvijas teritorijas aptveroša krātuve, kam jāatspoguļo visu kultūrvēsturisko apgabalu tautas celtniecības, sadzīves un kultūras attīstības gaita, kura dažādu politisko, saimniecisko un etnisko faktoru ietekmē ir bijusi atšķirīga. Tā kā Latvijas kultūrvēsturisko apgabalu ietvaros tautas dzīvesveidā un celtniecības tradīcijās pastāv ievērojamas dažādas/atšķirīgas lokālās īpatnības, ne vienmēr iespējams pārstāvēt apgabalu tikai ar vienu kompleksu vai objektu.
Muzeja uzdevums ir vākt un saglabāt Latvijas teritorijā vēsturiski dzīvojošu tautu materiālās kultūras, tostarp, tautas celtniecības pieminekļus un demonstrēt tos sabiedrībai maksimāli pietuvinot laika posmam no 17. gs. beigām līdz 20. gs. vidum, rādot zemnieku sētas, to iedzīvi, kas atkarībā no objektīvajiem apstākļiem ir reprezentētas ar atšķirīgu skaitu dažāda lieluma un nozīmes celtnēm.
Muzeja krājums komplektējams pēc sekojošu faktoru kopuma:
- ģeogrāfiskā (latviešu apdzīvotības areālā);
- sociālā;
- etniskā;
- hronoloģiskā;
- nodarbošanās veida jeb funkcionālā;
- estētiskā.
Muzeja krājums ir klasificēts 22 pamatgrupās pēc priekšmetu funkcijas, izņemot tekstiliju un keramikas kolekcijas, kur priekšmeti grupēti pēc materiāla (pamatgrupu sarakstu skat. pielikumā).
Lielākā daļa kolekciju tiek veidotas pēc saglabātā lietiskā materiāla nosacīti – no 17. gs. beigām līdz 20. gs. vidum, respektējot ansambļa (interjera) ekspozīcijas principu. Šīs kolekcijas uzskatāmas par lielā mērā pabeigtām, tai pat laikā būtisku jaunieguvumu uzņemšana krājumā nav izslēgta, taču tādu masveidīga iespējamība nav sagaidāma. Jaunieguvumu statistika rāda, ka krājumā klāt nāk priekšmeti, kas pārstāv jaunāko kultūras slāni, senāki priekšmeti ir retums.
Kopš 20. gs. 70. gadiem tiek veidota mūsdienu tautas lietišķās mākslas kolekcija, kas tiek regulāri papildināta un uz to neattiecas kolekcijas pabeigtības pazīme. Līdzīgi grāmatu kolekcija un Muzeja darbības dokumentācijas krājums ir atvērtas kolekcijas un tiek papildinātas atbilstoši materiālu ieguves iespējām un Muzeja pētnieciskā darba vajadzībām.